化学徒の備忘録(かがろく)|化学系ブログ

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blenderで分子モデルを書きたい(blemderでpdbファイルを読み込む)

blenderという3DCGアニメーションソフトウェアを使って、分子などのモデルを書くことを目指します。

ここでは(protain data bank) pdbファイルを読み込んで分子モデルを扱います。

バージョンは2.93です。

早速ダウンロードして、blenderをインストール後、起動します。

 

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筆者は言語を日本語を選択しました。もちろん、英語のほうがいい方は英語でどうぞ。

pdbファイルを読み込むために、アドオンを有効にします。

編集→プリファレンスをクリックします。

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Import・Export:Atomic Clender PDB/XYZというアドオンを有効にします。

アドオンは右上の検索欄からpdbで検索、もしくはアドオンの一覧から探しましょう。

チェックボックスをクリックして、アドオンを有効にします。

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これでファイル→インポートの中にProtain Data Bank (.pdb)があります。

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とりあえず、初期設定の立方体は消しました。

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ファイル→インポートの中にProtain Data Bank (.pdb)から分子のpdbファイルを読み込みます。

pdbファイルは検索してダウンロードするか、Chem 3Dなどで出力してください。

とりあえず設定は初期値です。

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今回はサリドマイドを読み込んでいます。

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真上から見ると、このようになってます。

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ただし、これでは結合が良く見えません。いわゆるボールアンドスティックを作りたいと思います。

pdbファイルを読み込むときに、scaling factorsのballsの値を0.8にしてみます。

 

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ボールが小さくなって、結合が見えるようになりました。

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筆者もblenderは初心者なので、方法が間違っていたり、もっといい方法がある場合は教えてください。